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Refactor OVIS setup script for MongoDB initialization
This commit is contained in:
tm16-medma
GitHub
@@ -1,107 +1,32 @@
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#!/bin/bash -e
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#!/bin/bash -e
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if [ -n "$ENABLE_OVIS" ];then
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if [ -n "$ENABLE_OVIS" ]; then
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# Setup MongoDB initialization directory if it doesn't exist
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if declare -F log >/dev/null 2>&1; then
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log INFO "OVIS setup detected -- will start OVIS services."
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fi
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mkdir -p "/var/cache/bridgehead/ccp/ovis/mongo/init"
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mkdir -p "/var/cache/bridgehead/ccp/ovis/mongo/init"
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mkdir -p "/var/cache/bridgehead/ccp/ovis/shared_data"
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# Generate MongoDB initialization script directly
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cat >"/var/cache/bridgehead/ccp/ovis/mongo/init/init.js" <<'EOF'
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cat > "/var/cache/bridgehead/ccp/ovis/mongo/init/init.js" << 'EOF'
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db = db.getSiblingDB("test_credos");
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db.createCollection("user");
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db.user.insertMany([{
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"_id": "OVIS-Root",
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"createdAt": new Date(),
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"createdBy": "system",
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"role": "super-admin",
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"status": "active",
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"pseudonymization": false,
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"darkMode": false,
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"colorTheme": "CCCMunich",
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"language": "de",
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}]);
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db = db.getSiblingDB("onc_test");
|
db = db.getSiblingDB("onc_test");
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db.createCollection("user");
|
db.createCollection("user");
|
||||||
db.user.insertMany([{
|
db.user.updateOne(
|
||||||
"_id": "OVIS-Root",
|
{ _id: "OVIS-Root" },
|
||||||
"createdAt": new Date(),
|
{
|
||||||
"createdBy": "system",
|
$setOnInsert: {
|
||||||
"role": "super-admin",
|
_id: "OVIS-Root",
|
||||||
"status": "active",
|
createdAt: new Date(),
|
||||||
"pseudonymization": false,
|
createdBy: "system",
|
||||||
"darkMode": false,
|
role: "super-admin",
|
||||||
"colorTheme": "CCCMunich",
|
status: "active",
|
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"language": "de",
|
pseudonymization: false,
|
||||||
}]);
|
darkMode: false,
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colorTheme: "CCCMunich",
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db.ops.insertMany([
|
language: "de"
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{"OPSC_4":"1-40","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie ohne Inzision an Nervensystem und endokrinen Organen "},
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}
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{"OPSC_4":"1-44","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie ohne Inzision an den Verdauungsorganen"},
|
},
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||||||
{"OPSC_4":"1-40","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie ohne Inzision an anderen Organen und Geweben"},
|
{ upsert: true }
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{"OPSC_4":"1-50","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie an Haut, Mamma, Knochen und Muskeln durch Inzision"},
|
);
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{"OPSC_4":"1-51","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie an Nervengewebe, Hypophyse, Corpus pineale durch Inzision und Trepanation von Schädelknochen "},
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{"OPSC_4":"1-55","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie an anderen Verdauungsorganen, Zwerchfell und (Retro-)Peritoneum durch Inzision "},
|
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{"OPSC_4":"1-56","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie an Harnwegen und männlichen Geschlechtsorgannen durch Inzision"},
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{"OPSC_4":"1-58","OPS_Gruppen_Text":"Biopsie an anderen Organen durch Inzision "},
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{"OPSC_4":"1-63","OPS_Gruppen_Text":"Diagnostische Endoskopie des oberen Verdauungstraktes"},
|
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{"OPSC_4":"1-65","OPS_Gruppen_Text":"Diagnostische Endoskopie des unteren Verdauungstraktes"},
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{"OPSC_4":"1-69","OPS_Gruppen_Text":"Diagnostische Endoskopie durch Inzision und intraoperativ "},
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{"OPSC_4":"5-01","OPS_Gruppen_Text":"Inzision (Trepanation) und Exzision an Schädel, Gehirn und Hirnhäuten"},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-02","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Schädel, Gehirn und Hirnhäuten"},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-03","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Rückenmark, Rückenmarkhäuten und Spinalkanal"},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-05","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Nerven und Nervenganglien "},
|
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{"OPSC_4":"5-06","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Schilddrüse und Nebenschilddrüse "},
|
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{"OPSC_4":"5-07","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an anderen endokrinen Drüsen "},
|
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{"OPSC_4":"5-20","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Mittel- und Innenohr "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-25","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Zunge "},
|
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{"OPSC_4":"5-31","OPS_Gruppen_Text":"Andere Larynxoperationen und Operationen an der Trachea "},
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{"OPSC_4":"5-32","OPS_Gruppen_Text":"Exzision und Resektion an Lunge und Bronchus "},
|
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{"OPSC_4":"5-33","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Lunge und Bronchus"},
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{"OPSC_4":"5-34","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Brustwand, Pleura, Mediastinum und Zwerchfell "},
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{"OPSC_4":"5-37","OPS_Gruppen_Text":"Rhythmuschirurgie und andere Operationen an Herz und Perikard"},
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{"OPSC_4":"5-38","OPS_Gruppen_Text":"Inzision, Exzision und Verschluß von Blutgefäßen "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-39","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Blutgefäßen "},
|
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{"OPSC_4":"5-40","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Lymphgewebe "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-41","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Milz und Knochenmark "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-42","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Ösophagus "},
|
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{"OPSC_4":"5-43","OPS_Gruppen_Text":"Inzision, Exzision und Resektion am Magen "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-44","OPS_Gruppen_Text":"Erweiterte Magenresektion und andere Operationen am Magen "},
|
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{"OPSC_4":"5-45","OPS_Gruppen_Text":"Inzision, Exzision, Resektion und Anastomose an Dünn- und Dickdarm "},
|
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{"OPSC_4":"5-46","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Dünn- und Dickdarm "},
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{"OPSC_4":"5-47","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Appendix "},
|
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{"OPSC_4":"5-48","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Rektum "},
|
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{"OPSC_4":"5-49","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Anus "},
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||||||
{"OPSC_4":"5-50","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Leber "},
|
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{"OPSC_4":"5-51","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Gallenblase und Gallenwegen "},
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{"OPSC_4":"5-52","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Pankreas "},
|
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{"OPSC_4":"5-53","OPS_Gruppen_Text":"Verschluß abdominaler Hernien "},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-54","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen in der Bauchregion "},
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{"OPSC_4":"5-55","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Niere "},
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{"OPSC_4":"5-56","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Ureter "},
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{"OPSC_4":"5-57","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Harnblase "},
|
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{"OPSC_4":"5-59","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an den Harnorganen "},
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{"OPSC_4":"5-60","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Prostata und Vesiculae seminales "},
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{"OPSC_4":"5-61","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Skrotum und Tunica vaginalis testis"},
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{"OPSC_4":"5-62","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Hoden "},
|
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{"OPSC_4":"5-65","OPS_Gruppen_Text":"Operationen am Ovar "},
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||||||
{"OPSC_4":"5-68","OPS_Gruppen_Text":"Inzision, Exzision und Exstirpation des Uterus "},
|
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{"OPSC_4":"5-70","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Vagina und Douglasraum "},
|
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{"OPSC_4":"5-71","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an der Vulva "},
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||||||
{"OPSC_4":"5-85","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Muskeln, Sehnen, Faszien und Schleimbeuteln"},
|
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||||||
{"OPSC_4":"5-87","OPS_Gruppen_Text":"Exzision und Resektion der Mamma "},
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{"OPSC_4":"5-89","OPS_Gruppen_Text":"Operationen an Haut und Unterhaut "},
|
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{"OPSC_4":"5-90","OPS_Gruppen_Text":"Operative Wiederherstellung und Rekonstruktion von Haut und Unterhaut"},
|
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{"OPSC_4":"5-91","OPS_Gruppen_Text":"Andere Operationen an Haut und Unterhaut "},
|
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{"OPSC_4":"5-93","OPS_Gruppen_Text":"Angaben zum Transplantat und zu verwendeten Materialien"},
|
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{"OPSC_4":"5-98","OPS_Gruppen_Text":"Spezielle Operationstechniken und Operationen bei speziellen Versorgungssituationen "},
|
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{"OPSC_4":"8-13","OPS_Gruppen_Text":"Manipulation am Harntrakt"},
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{"OPSC_4":"8-14","OPS_Gruppen_Text":"Therapeutische Kathedirisierung, Aspiration, Punktion und Spülung "},
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{"OPSC_4":"8-15","OPS_Gruppen_Text":"Therapeutische Aspiration und Entleerung durch Punktion "},
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{"OPSC_4":"8-17","OPS_Gruppen_Text":"Spülung (Lavage) "},
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{"OPSC_4":"8-19","OPS_Gruppen_Text":"Verbände "},
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{"OPSC_4":"8-77","OPS_Gruppen_Text":"Maßnahmen im Rahmen der Reanimation "},
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||||||
{"OPSC_4":"8-92","OPS_Gruppen_Text":"Neurologisches Monitoring "},
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])
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EOF
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EOF
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OVERRIDE+=" -f ./$PROJECT/modules/ovis-compose.yml"
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OVERRIDE+=" -f ./$PROJECT/modules/ovis-compose.yml"
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